《条例(草案)》共四十条，主要包含了工程建设、工程保护与管理、水质保障与供水等章节，重点包括以下五点内容：
一是关于生态补偿机制。目前，浙江省市政府对淳安等县市通过转移支付和各类专项资金等方式予以了财政支持。但是，相对于千岛湖配水供水工程来说，省市资金的投入不具有明确的对应性。鉴于千岛湖配水供水工程需要长久的生态环境保护作为支撑，建立专项的、稳定的生态补偿机制，《条例(草案)》在第六条规定“市人民政府应当建立千岛湖配水专项生态补偿机制，作为千岛湖水资源保护与调配的补偿”，并且第六条规定的生态补偿机制即为常态化、科学化的生态补偿机制。
二是关于千岛湖配水供水工程的工艺与材料。千岛湖配水供水工程是“百年工程”，不仅着眼于当前，更着眼于杭州未来的长远发展，而且工程实施的主要目的是满足城市生活用水需求，因此，《条例(草案)》在第十四条对千岛湖配水供水工程的建筑材料的环保型、耐久性作了特别规定，要求“应当选用无污染、耐久可靠，且符合饮用水标准的建筑材料和工程设备”。
三是关于千岛湖配水工程的管理范围及管理措施。千岛湖配水工程是大型水利工程，按照《水法》的规定，水利工程应当划定管理范围，由于千岛湖配水工程跨度长，涉及多个县市；工程构成复杂，保护要求各异，因此《条例(草案)》对其管理范围的划定作了特别规定：一方面，在第十九条根据工程各组成部分的特点，明确了划定管理范围的标准；另一方面，在第二十条根据工程安全保护的要求，规定了管理范围内的保护措施。
四是关于千岛湖配水工程的保护范围及保护措施。水利工程的保护范围是工程管理范围的延伸，是确保工程安全的缓冲地带。为确保千岛湖配水工程的安全，《条例(草案)》在第二十一条根据保护需要，规定了划定保护范围的标准，分别为：从工程管理范围边线向外延伸200米以内的区域，隧洞、管道、倒虹吸等地下输水工程上方地面以及从其边线向外延伸200米以内的区域，检修交通隧洞进口、交通道路、检修排水管渠等其他工程设施管理范围边线向外延伸50米以内的区域。同时，对于在工程保护范围内进行工程施工的行为，《条例(草案)》第二十二条作了事前征求“市水行政主管部门”意见的程序性规定，并要求施工单位应当“应当按照市水行政主管部门的要求采取专项防护措施，并制定配水安全以及其他工程事故应急预案。”
五是关于水质保障。良好的水质是实现千岛湖配水供水工程建设目标的前提。在水源保护方面，《条例(草案)》首先在第六条规定了“专项生态补偿机制”，利用财政经济杠杆推动千岛湖水资源的保护；其次对水源地生态保护作了规定，明确了各级政府制定千岛湖配水供水工程水源地及沿线生态环境保护规划并组织实施的责任(第二十八条第一款)，同时规定了千岛湖、闲林水库所在地区、县(市)政府组织建设水源地生态隔离保护带的责任(第二十八条第二款)。
在水质监测方面，《条例(草案)》在第三十条对水行政部门、环保部门和卫生行政部门的监测职责分工作了规定；同时还规定了千岛湖配水供水工程建设管理单位对配水供水管网水质进行监测的责任。
此外，《条例(草案)》对千岛湖配水供水工程的施工监管、日常运行维护、应急管理等以及相应的法律责任作了规定。 来源：杭报在线
