《办法》指出，各市州政府是本区域实行最严格水资源管理制度的责任主体，市州政府主要负责人是实行最严格水资源管理制度的第一责任人，相关负责人为直接责任人。
据了解，实行最严格水资源管理制度考核包括目标完成及制度建设和措施落实情况两部分内容。最严格水资源管理制度考核期为五年，与国民经济和社会发展五年规划相统一。最严格水资源管理制度考核采取全面与专项、自查与互评、材料审查与实地抽查、定性评价与定量分析相结合的方式进行。
考核评定采用评分法，满分为100分。考核结果划分为优秀、良好、合格、不合格四个等级。考核得分90分以上(含90分)为优秀，80分以上(含80分)为良好，60分以上(含60分)为合格，60分以下为不合格。
年度或期末考核等级为“不合格”的市州政府，应在考核结果公布后1个月内，向省政府做出书面报告，提出限期整改措施，同时抄送考核组成员单位。整改期间，水行政主管部门暂停该地区建设项目新增取水和入河排污口审批，环保部门暂停该地区主要水污染物排放建设项目环境影响评价审批。对拒不整改或整改不到位以及在考核工作中有瞒报、谎报、漏报、不报等弄虚作假行为的市州，省政府给予通报批评，对相关责任人依法依纪追究责任。
