东线和西线一期投资达2000多亿
按照现在的估算，东线和中线的一期工程动态投资大概2000多亿。其中，东线的一期工程是调水39亿立方米，加上江苏省已经实施的调水工程，总调水量是89亿立方米，中线的第一期工程调水量是95亿立方米。将来还有二期、三期工程，东线工程最终的调水规模可能达到175亿，中线工程的最终规模大概130亿。西线的最终规模达到170亿。这三条线如果全部实施的话，大概有400多亿的水要从长江流域流到北方。
一期工程投资超出预期80%
有人分析，三峡工程的实际资金投入量要比预期多很多，这样下去，会不会造成资金投入的无底洞？潘家铮院士认为，我一期工程资金初步估算超过了当初规划估计约80%到90%。分析其原因，是由于工程设计方案的改变，工作措施的变化，工作量增加引起的投资增长。但是这部分增加的数量不太多。这部分资金主要用于植物、水土保持的需要，移民安置，国家对移民的政策调整了，赔偿补偿的标准提高。南水北调是国家新建的工程，最容易发生投资失控，每一个分段，都要严格进行控制，实行项目发生责任制，招标投标制，经营制和合同管理制的现代化的方法，严格的进行阶段控制，这样南水北调的质量也好，进度也好，资金也好，都能够得到控制。这部分资金目前来看还是很透明的，国家也能够控制的很好，不会是一个无底洞。
水价不是经济问题 而是政治问题
南水北调工程不是一项盈利的工程，管理机构并不是一个盈利的企业。南水北调工程是对我国的水资源进行全面战略性配置，是体现一个国家的意志，是为民造福，为国家造福的工程。像这样的工程，主要的投资就是应该由国家承担。至于水价提高，这个只能是较小的一部分。南水北调工程不能完全依靠水价的调整来解决资金问题。我们国家每一年要征收那么多的税，除了要支付行政费用，就是要做一些无利可图的事。比如说国防建设，生态环境的保护、修复。支持、发展科技、教育事业等等，这些工作，都是要靠国家来做。
但这并不是说，南水北调的水就可以无偿的低价的供应给北方地区，如果要是这样做的话，不但成为财政方面的负担，而且不利于北方地区的节约用水，高效用水，科学用水。调水的总价在总体上应该跟现在瘦水区的平均水价相当或者高一些。要在瘦水区可以承受的范围之内，这个所谓水价是平均的水价，不同的城市有不同的水价。水价的确定一方面要能够保证这个地区国民经济合理的增长，保证这个地区人民的生活水平合理提高，要能够保证这个地区的生态环境问题能够很快的恢复。另外一方面，应该能够促进节水，促进高效用水的发展。所以这个水价问题，与其讲是一个经济问题，实际上更多的是政治问题。而且要采取很多具体有效的政策跟措施，才能够解决。
