对于未办理河道采砂许可证，擅自在长江采砂的，修改前的《条例》规定，责令停止违法行为，没收违法所得和非法采砂机具，并处10万元以上30万元以下的罚款；情节严重的，扣押或者没收非法采砂船舶，并对没收的非法采砂船舶予以拍卖，拍卖款项全部上缴财政。
修改后的《条例》调整了罚款力度和幅度，明确“责令停止违法行为，没收违法开采的砂石和违法所得以及采砂船舶和挖掘机械等作业设备、工具，并处违法开采的砂石货值金额2倍以上20倍以下的罚款；货值金额不足10万元的，并处20万元以上200万元以下的罚款”。
对于未按照河道采砂许可证规定的要求采砂的，修改前的《条例》规定，责令停止违法行为，没收违法所得，处5万元以上10万元以下的罚款，并吊销河道采砂许可证。
修改后的《条例》规定，责令停止违法行为，没收违法开采的砂石和违法所得，并处违法开采的砂石货值金额1倍以上2倍以下的罚款；情节严重或者在禁采区、禁采期采砂的，没收违法开采的砂石和违法所得以及采砂船舶和挖掘机械等作业设备、工具，吊销河道采砂许可证，并处违法开采的砂石货值金额2倍以上20倍以下的罚款，货值金额不足10万元的，并处20万元以上200万元以下的罚款。
对于采砂船舶在禁采期内未在指定地点停放或者无正当理由擅自离开指定地点的，修改前的《条例》规定，处1万元以上3万元以下的罚款。修改后的《条例》规定，由县级以上地方人民政府水行政主管部门责令停靠在指定地点，处3万元以上10万元以下的罚款；拒不改正的，予以强行转移至指定地点。
对于伪造、涂改或者买卖、出租、出借或者以其他方式转让河道采砂许可证，尚未触犯刑律的，修改前的《条例》规定，由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者长江水利委员会依据职权，没收违法所得，并处5万元以上10万元以下的罚款，收缴伪造、涂改或者买卖、出租、出借或者以其他方式转让的河道采砂许可证。
修改后的《条例》规定，伪造、变造、转让、出租、出借河道采砂许可证，由县级以上地方人民政府水行政主管部门或者长江水利委员会依据职权予以吊销或者收缴，没收违法所得，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
此外，修改后的《条例》删去了第十七条“从事长江采砂活动的单位和个人应当向发放河道采砂许可证的机关缴纳长江河道砂石资源费”的规定。修改后的《条例》还增加了规定，禁止运输、收购、销售未取得河道采砂许可证的单位、个人开采的长江河道砂石。长江水利委员会应当会同沿江省、直辖市人民政府水行政主管部门及有关部门、长江航务管理局、长江海事机构等单位建立统一的长江河道采砂管理信息平台，推进实施长江河道砂石开采、运输、收购、销售全过程追溯。
