水质基本补偿，即断面水质年均值在三类基础上，每改善一个水质类别，山东省给予河南省6000万元补偿资金；反之，每恶化一个水质类别，河南省给予山东省6000万元补偿资金。水质变化补偿，即断面COD、氨氮、总磷3项关键污染物年度指数每下降1个百分点，山东省给予河南省100万元补偿；反之，每上升1个百分点，河南省给予山东省100万元补偿。补偿协议签署以来，黄河入鲁水质持续保持在二类标准以上，主要污染物指标稳中向好。
在建立实施黄河流域省际横向补偿机制的同时，为促进省内流域环境的联动保护和协同治理，山东在省内县际建立了全流域横向生态补偿机制。2021年9月，全省301个跨县界断面全部签订横向补偿协议。截至2022年5月底，共兑付县际横向生态补偿资金3.24亿元。其中，下游补偿上游2.17亿元，上游赔偿下游1.07亿元，补偿金额大幅超出赔偿金额，反映了上游治理成效凸显，流域水质整体持续向好。
