为全市人民广为关注的市级重点工程项目——总投资约6.5亿元的浙江省上虞市污水处理二期工程，是2007年度上虞市单体投资规模最大的一项建设工程，其工程建设与廉政建设成为各级领导和社会各界、各有关部门的关心的热点，也是反腐倡廉防控的重点。工程指挥部做到工程建设和廉政建设并举，在精心打造优良工程、精品工程的同时，努力打造阳光工程、透明工程，保障重点工程一方净土，确保工程建设的顺利进展。
二期工程成立了上虞市预防职务违纪违法工作领导小组，副市长吕军为组长，纪委、检察院、工程指挥部等为成员单位。领导小组实行预防工作联络员制度及各成员单位联席会议制度，把法制宣传、警示教育、案件剖析、预防调研、市场准入、监督检查等融入工程建设各个环节，并有重点、针对性地加强实时监督。设立二期工程指挥部监察组，由上虞市纪委、财政、审计等部门抽调工作人员常驻指挥部，并作为指挥部内设机构实行日常程序监督、过程监督、财务核查及内审工作，监察组还设立举报箱，上墙接受投诉举报。与此同时，工程指挥部不断健全质量保证体系，从设计、图审、监理到施工，从业主内部协调管理到质监等部门的外部行业监督管理，围绕工程进度、质量与过程监管，实行全天候、全方位的监管与程序保障。通过建立较为完善的廉政监督预防体系，确保了监督管理的切实有效。
由于工程指挥部工作人员均是从各部门抽调组建，针对这一实际情况，指挥部从制度入手，规范运作程序，先后制定了《资金支付审批制度》、《小额合同管理办法》等一系列规章制度，对资金拨付、工程变更等方面做到有章可循，依章办事，从机制上保障指挥部廉政防控的各项工作落到实处。坚持做到廉政建设与实际工作相结合，与工程质量相结合。如在项目招标过程中，凡是制度规定必须进入招投标程序的，一律公开招投标；一些特殊设备、特殊材料等需询价采购的，由指挥长会议集体决定，报经工程领导小组或上虞市政府常务会议同意后再实施。在工程监管方面，指挥部工程组、机电组人员坚持现场管理、跟班管理，监理单位做到全过程傍站监控，设计单位、质监单位派员常驻工地，等等。为确保监管成效，指挥部在对全体干部职工实施廉政责任制的同时，加强全体人员的廉政建设和警示教育，如组织观看职务犯罪现场审判等，提高干部职工的反腐倡廉自觉性，做到警钟长鸣，常抓不懈。
上虞市污水处理二期工程建设规模为日处理污水22.5万吨及日排放30万吨的排海管线。二期工程全部竣工后，与现有的7.5万吨污水处理项目合并运行，形成日处理30万吨污水能力，从而使受益范围覆盖到2个工业园区及虞中、虞北7个乡镇（街道）。在相当长的一段时间内，该项目可满足上虞市工业与生活污水的纳管需求，为全市经济发展、环境保护及社会稳定创造良好的条件。
