整合水务资产，做强水务产业，组建水务公司，是市委、市政府作出的重大决策部署。这是深化水务体制改革，推动供水、排水和管网运营管理一体化的需要，有利于整合城市水务资产，实现水资源统一调配、高效运营和科学管理；有利于提升城市污水处理水平，加快补齐水环境治理短板；有利于优化国有经济布局结构，推动国有资本做优、做强、做大。
南通市水务有限公司对南通市自来水公司进行公司制改制，然后整合吸收洪江排水有限公司、东港排水有限公司、开发区污水处理厂、开发区第二污水处理厂以及能达水务有限公司等企业的全部资产组建而成。重组后的水务公司，拥有总资产78.28亿元，净资产53.12亿元。公司注册资本20亿元，股东为南通国有资产投资控股有限公司和市经济技术开发区控股有限公司，持股比例分别为69.26%和30.74%。公司经营范围为自来水的生产和供应、污水收集处理及排放，城市自来水、污水项目的投资、建设和运营等。目前自来水制水能力每天200万吨，污水处理能力每天69.7万吨，中水回用能力每天5.75万吨。
新成立的水务公司为市属二类企业，由南通城建集团履行出资人职责，市城乡建设局负责行业管理与业务指导，市国资委履行国有资产监管职责，对水务公司参照直接出资企业监管。公司按照党章、公司法、企业国有资产法等法律法规和现代企业制度要求，建立健全党委会（纪委）、董事会、经理层和监事会等治理机制，以市场化方式规范运营，服务市民生活、城乡建设和经济社会发展，确保国有资产保值增值。
