首先，开展农业水价综合改革要与适度规模化的现代农业生产有机结合。农业水价综合改革，涉及以“总量控制、定额管理”为基础的现代灌溉管理制度的建立，同时还涉及如何加强农田水利工程管护课题。随着城镇化步伐的加快，农村大量青壮年人口进入城镇工作和生活，当中许多人将村中承包的土地流转出去的愿望日益强烈。应通过对农户土地承包经营权的适度流转，变革当下传统的家户耕种现状，打破制约农业水价综合改革的种植模式，为实施社会化专业化的农田水利设施管护、制定符合当地实际的农业灌溉制度和水价改革政策创造条件。
其次，农业水价综合改革需要科学严谨的定额灌溉管理制度。如何确定灌溉用水定额，关系到灌溉水生产率的高低和农业水权的合理分配，既涉及水资源节约利用的社会效益，更涉及广大农民群众的经济利益。因此，实施农业水价综合改革，应根据新时代国家农业发展战略，并结合农业发展实际，在现代灌溉理念指导下，以科学严谨的农作物灌溉试验为支撑，制定出符合各地农作物生产实际的定额灌溉管理制度，实现从浇地到浇作物的灌溉方式转变，将农业高效节水灌溉变成可量化操作的实践。
再次，完善农田计量灌溉设施体系，夯实农业水价综合改革工程基础。近年来，一大批新建和改造的农田节水灌溉工程陆续投入使用，农业节水工作取得显著进展。但农田灌溉计量设施不到位、节水工程末端部位建设不精细，成为部分地区节水工作不容回避的短板。因此，既应适时配套一批先进的农田灌溉用水计量设施，同时还要考虑计量设备的耐用性和防损性，便于农田灌溉过程中的使用和维护。要本着节约办大事的原则，最大限度地利用好现有水利工程设施，尽力配齐农田灌溉用水计量设施，全面完善节水工程末端部位建设，解决好末端出水口到农田“最后一公里”的粗放灌溉问题。
最后，要因地制宜确定各类灌溉水价。当前，部分地区存在农田灌溉水价不均衡问题，依靠河湖多级提水灌溉的农田和地下水埋藏较深的井灌区，灌溉水价较高；紧靠大中型泵站的农田，得益于国家对大中型灌区的水价补贴政策，灌溉水价几乎可等同于福利性灌溉，大水漫灌现象仍然时有发生。为此，要合理确定各类水利工程的灌溉水价，要在搞好调查、摸清底数上下功夫，以县为单位，对各类水利工程的实际运行管护成本开展全面详尽调查。要在推进改革、制定规范上下功夫，根据全国农业水价综合改革工作总体部署，因地制宜出台各地农业水价综合改革规范性政策，分类明确水利工程灌溉水价，坚决纠正因低水价导致的粗放用水问题，使同类工程设施灌溉水价基本保持一致。要在发扬民主、科学决策上下功夫，农业水价综合改革涉及范围广、牵扯利益多，要多倾听社会各界尤其是农村干部群众、涉农部门、水管单位的意见和建议，使水价改革方案最大限度地接地气、合民意。要在强化约束、抓好落实上下功夫，要通过常态化、制度化的专项监督检查，确保农业水价综合改革各项举措全面落地见效，经得起实践和时间的检验。
