自从“南水北调中线工程”的设想被提出以后，伴随着这一举世瞩目的工程实施，关于“补偿”争论的话题就从未停止过。其态度及论点：有专家学者的，有各领域研究机构的；有供水区的，有受水区的；有民间的，有官方的……大致归类，无外乎如下声音：该不该“补偿”？怎么“补偿”？由谁来“补偿”？“补偿”的领域？“补偿”的标准？……至今，各种声音莫衷一是，无法统一。
（一）
无可否认，以保证“调水”的水质、水量为核心目的，以及逐步提升“供水区”的公共服务水准，国家的“急需补偿”、“初级补偿”已随“南水北调中线工程”的实施同时展开。如：城镇污水处理设施、城镇垃圾处理设施、工业点源污染防治、入河排污口整治、水环境监测能力建设、尾矿库治理、水土保持、移民搬迁，生态补偿，一般性转移支付……如此长距离、跨流域的调水工程“补偿”，在国内没有先例。
“问题”稍加展开就会发现：一是补偿范围狭窄，暂以“应急”为主；二是补偿标准偏低，有的领域还过于笼统；三是补偿资金来源和补偿方式单一；四是受水区履行补偿义务的意识不强，普遍存在着免费消费心理，缺乏补偿意识；五是我国目前还没有生态补偿的专门立法，现有涉及生态补偿的法律规定大都分散在多部法律之中，缺乏系统性和可操作性，因而权威性和约束性自然会受到影响……
（二）
说到底，完美“补偿”的最终目的，就是让三方——“协调者”、“供水区”、“受水区”的脸上均绽露出笑容。美国加州“北水南调工程”的“供水区”：获得了满意的补偿——来自受水区的水资源费，获得了在供水发生矛盾时，“先满足本地区供水，再满足南加州供水”的优先权；“受水区”南加州：享受灌溉面积达2000多万亩，获益人口达2300万。之后加州发展成为美国人口最多、灌溉面积最大、粮食产量最高的州，全州经济实力跃居美国第一……
众所周知，“南水北调中线工程”将涉及到我国水资源的重新配置，水安全（水质、水量）的高度保障，以及经济发展、社会稳定、生态安全等诸多方面。然而，今年汛期后，清澈的汉江江水就将经“中线”流入京津地区。因此，像美国联邦那样，先通过法律“规范”调水的目的、原则、规模，明确供水区、受水区的权利、义务和责任，即“先立法再调水”的做法，从时间上来讲已不可能。但是在“问题成堆、纷繁的论证”中，首先聚焦“南水北调中线”供水区的补偿，应是可能的。作为一个永久性的跨流域调水工程，在它启动之初，“基础”理应夯得更加结实。因此，“相对集中、快速、明确的确立”补偿就显得迫在眉睫。
全面到位的补偿机制，尤其是生态补偿机制的完善和最终确立，无疑尚需时日。但水质和水量的高度保障，一定是南水北调中线未来“一丝都不能松动”的永恒目标。随着供水区内工业废水及城镇生活污水为主的点源污染得到逐步控制以后，农业的面源污染将旋即成为对南水北调中线供水区水质构成威胁的最大主体。因此，在纷杂的补偿范围内，“水土保持治理”的地位、急切性和重要性，一下子就凸显了出来。《丹江口库区及上游地区水污染防治和水土保持规划》明确指出：面源治理主要通过“水土保持”三道防线开展……以避免面源污染直接入河。
（三）
陕西作为南水北调中线最大的供水区，无疑肩负着重大的历史使命。为呼吁国家尽快建立供水区生态补偿机制，保障水源安全及当地区域经济社会的和谐发展，从2006年起，陕西就开始组织西安若干重点大学及水源区31个县（区）水利水保部门的近百名专家教授及科技人员联合攻关，对南水北调中线陕西供水区的水资源、水土流失、环境容量等开展了深入细致和全面的研究，在“探索确定”生态补偿的主体、内容、方法、途径、标准等方面取得了突破。其成果在2011年被陕西省人民政府授予省科学技术二等奖。
在2008、2009年的两会期间，陕西省水源区生态补偿的研究成果被全国人大、全国政协、省人大广泛采纳，形成多项提案，引起国务院多部门的高度重视，有力推进了全国生态补偿的进程。2009年8月，全国政协根据陕西的研究成果，向中共中央办公厅和国务院报送了“关于我国水土保持补偿机制建设的建议报告”，水利部做出了重要批示，并确定将水土保持生态补偿内容纳入新的《水土保持法》。
曾参与陕西供水区生态补偿机制研究的西安理工大学教授李怀恩认为：尽管南水北调中线供水区的生态补偿得到了国家各个层面的高度关切和重视，但其实质性的“进展”并不理想。据数年来研究的结果表明，南水北调中线陕西供水区在保证全流域二类水质的情况下，供水区水土流失及面源污染防治平均成本41.4亿元/年，点源污染防治平均成本28.17亿元/年，农林机会损失成本21.29亿元/年，工业机会损失成本在30亿元/年以上。而当前国家所给予的各种补偿仍是“极有限”的，仅能满足需求量的10%左右。在南水北调中线工程即将通水之际，建立生态补偿机制迫在眉睫。
