我国淡水资源缺乏，时空分布不均，加之水污染较为严重，因此，南水北调规划应在节水和治污的基础上科学调水，以更加有效地利用水资源。
南水北调工程可以在一定程度上缓解我国北方地区水资源不足的状况，但并不能从根本上改变缺水格局。目前，我国水资源短缺与水资源浪费并存，因此在南水北调工作中认真贯彻“节水为先”的原则尤为重要。
由于水资源短缺与经济发展之间矛盾日益加剧，许多地区出现工农业争水、城乡争水、地方之间争水、超采地下水和挤占生态用水的现象。要缓解这个局面，不仅要合理分配水资源，而且要大力建设节水型农业、节水型工业、节水型城市、节水型社会。
另外，要加强水污染治理，确保调水水质。放着污染不治，不仅影响调水工程的如期完成，而且也是对水资源的巨大浪费。目前，南水北调东线以及受水地区污染仍然严重，各地需进一步加大治污力度，采取经济、法律等手段，如期完成治污项目建设，确保调水工程发挥最大的经济效益和社会效益。
